在GameFreak宣布推出《宝可梦 朱紫》的DLC“零之秘宝”之后，官方也开启了本作与《宝可梦GO》的联动。不过在Reddit上，很多玩家表示自己遇到了《宝可梦 朱紫》与《宝可梦GO》同步数据后丢失存档的恶性bug，任天堂官方在接受bug反馈之后表示正在调查。
在《宝可梦 朱紫》与《宝可梦GO》的联动中，玩家可以通过游戏之间发送明信片的形式。在《宝可梦GO》中使用“重要的宝箱”，在其周围收服索财灵的徒步形态，而《宝可梦 朱紫》中玩家也可以遇到不同花纹的彩粉蝶。所以对于国外玩家来说，这是获得《宝可梦 朱紫》中无法直接收服的宝可梦的重要途径。不过很多玩家在同步数据之后就出现了《宝可梦 朱紫》存档文件损坏，无法识别的情况。甚至有玩家因为购买了游戏季票下载对应数据后，存档被删除。任天堂官方回应称他们正在调查这个bug，并且建议玩家们目前不要将《宝可梦 朱紫》与《宝可梦GO》数据进行同步。有玩家表示很可能是不同花纹的彩粉蝶所导致的问题，建议不要在改变花纹的彩粉蝶附近存档。
《宝可梦GO》的同步bug，对于国内玩家来说也算是躲过一劫。但是在《宝可梦Home》还没有与《宝可梦 朱紫》打通的现在，还是不能掉以轻心，毕竟不能排除联动宝可梦的问题，谁也不想自己好不容易收服的闪光宝可梦直接随着存档消失。
