《仙剑奇侠传》电视剧改编自同名游戏《仙剑奇侠传》因此，电视剧的剧情基本上是根据游戏进行的。在游戏里《仙剑奇侠传二》的故事与《仙剑奇侠传》一三，时间相隔很大。
《仙剑奇侠传二》的故事发生在《仙剑奇侠传一》结束的八年之后，其主角也并不是李逍遥。而是李逍遥的婶婶所开的客栈的隔壁的邻居的儿子“王小虎”，王小虎比李逍遥小了十岁，他最常说的话就是：“逍遥哥哥，你今天再带我去树林里面找鸟窝，好不好吗？”也正是因为与李逍遥从小的接触，他从小就开始想成为李逍遥那样的人。
在游戏中的《仙剑奇侠传一》里，关于王小虎的设定，还是一个孩童，而在《仙剑奇侠传二》里，王小虎便已经成长成了一位俊朗的青年。《仙剑奇侠传二》里的故事也如游戏一般，主要讲述了男主角王小虎与女主角李忆如一起云游四海，闯荡天下的故事。
而李忆如是谁呢？大家还记得《仙剑奇侠传一》的结局吗？赵灵儿在与拜月的战斗中身受重伤，并在最后的关头牺牲，死在了李逍遥的怀里。李逍遥在灵儿去世后，承担起照顾女儿的责任，生活变得像是行尸走肉一样。
他辞别了阿奴，独自一人踏上返乡的路。为了对抗拜月，阿奴和唐钰小宝召回大地之力的过程中选择了牺牲自己，化为比翼鸟，从而能够永远在一起。
同是姓李，李逍遥又在赵灵儿死后独自抚养女儿，由此可见李忆如便是李逍遥与赵灵儿的女儿。但是，这与《仙剑奇侠传二》不开拍有什么关系吗？既然是李逍遥与赵灵儿的女儿与自家的邻居，不是恰好接到了《仙剑奇侠传一》吗？
其实王小虎在《仙剑奇侠传一》里面就出现过了，在其中，王小虎是一个其貌不扬的与李逍遥同龄的人。把王小虎跟李逍遥设定为同龄人，正因为如此，王小虎便没有办法与李逍遥的女儿李忆如再一起游历江湖了，也直接导致了《仙剑奇侠二》缺席这么多年。
而且在《仙剑奇侠一》中，林月如的结局是救助李逍遥和灵儿的过程中牺牲了自己，而在游戏版本中，林月如只是暂时性的昏迷，醒来继续抚养李忆如。
除了人物设定之外，《仙剑奇侠传二》本身也有一些瑕疵。它的故事性较平淡，而且整体故事较短，这其实也是为什么当时有很多玩家，即使仙剑二发布也仍然喜欢玩仙剑一的原因。
